Учреждена Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 февраля 1943 года. Автор рисунка медали — художник Н. И. Москалёв. Имеет 2 степени. Высшей степенью медали является 1-я степень.
Медаль первой степени вручалась партизанам, начальствующему составу партизанских отрядов и организаторам партизанского движения за отвагу, геройство и выдающиеся успехи в партизанской борьбе в тылу немецко-фашистских захватчиков.
Медаль второй степени вручалась за личное боевое отличие в выполнении приказов и заданий командования, за активное содействие в партизанской борьбе против немецко-фашистских захватчиков Награждение медалью производилось от имени ВС СССР с вручением временных удостоверений, которые впоследствии (с 1948 года) обменивались на постоянные, причем для каждой степени награды выписывалось отдельное удостоверение.
В период Великой Отечественной войны на всей временно оккупированной территории развернулось партизанское движение. В более 6200 партизанских отрядах и подпольных группах воевало свыше миллиона человек. Партизанское движение было составной частью вооруженной борьбы советского народа против фашистских захватчиков и было важным фактором в достижении Победы.
184 тысяч партизан были награждены орденами и медалями СССР, 249 получили звание Героя Советского Союза. Одним из первых, награжденных медалью «Партизану Отечественной войны» I степени был Ефим Ильич Осипенко, - начальник штаба партизанского отряда «Передовой», действовавшего на территории Тульской и Смоленской областей.
Медалью «Партизану Отечественной войны» I степени награждено 56 876 человек, II степени - 70 993 человека. Имела две степени. Более 100 иностранных граждан, сражавшихся в советских партизанских отрядах, отмечены этой наградой.