19 декабря 1918 года постановлением Бюро ЦК РКП (б) фронтовые и армейские ЧК были объединены с органами Военного контроля, и на их основе образован новый орган – Особый отдел ВЧК при СНК РСФСР. Этот день традиционно отмечается как профессиональный праздник сотрудников органов военной контрразведки Федеральной службы безопасности России. В дальнейшем с образованием особых отделов фронтов, военных округов, флотов, армий, флотилий и особых отделов при губернских ЧК была создана единая централизованная система органов безопасности в войсках.
19 апреля 1943 года постановлением Совнаркома СССР было образовано Главное управление контрразведки НКО «Смерш» («Смерть шпионам»). На него, в числе первостепенных, возлагались задачи борьбы со шпионской, диверсионной, террористической деятельностью иностранных разведок и принятия совместно с командованием мер, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры противника через линию фронта. Благодаря налаженной зафронтовой работе армейские чекисты нередко располагали подробными сведениями об агентах противника еще в период их подготовки в разведшколах. Органами "Смерш" было выявлено 1103 агента противника.
В наши дни Департамент военной контрразведки – часть структуры Федеральной службы безопасности Российской Федерации. В задачи сотрудников ведомства входит борьба с терроризмом, пресечение шпионской деятельности зарубежных спецслужб, охрана государственной тайны.