День командира подводной лодки отмечается с 1997 года решением президиума Объединённого совета ветеранов-подводников. Эта дата связана с памятью о командире подводной лодки «С-13», Герое Советского Союза Александре Ивановиче Маринеско, который ушёл из жизни 25 ноября 1963 года.
В апреле 1943 года Александр Маринеско был назначен командиром С-13, на которой он прослужил до сентября 1945 года. В поход подлодка под его командованием вышла только в октябре 1944 года. В первые же сутки похода, 9 октября, Маринеско обнаружил и атаковал транспорт «Зигфрид». За данный поход Маринеско получил орден Красного Знамени.
В период с 9 января по 15 февраля 1945 года Александр Иванович находился в своем пятом боевом походе, в течение которого были потоплены два крупных транспорта противника – «Вильгельм Густлофф» и «Штойбен». «Вильгельм Густлофф» был крупнейшим по тоннажу теплоходом, потопленным советскими подводниками.
30 января 1945 года на Балтике экипажем подводной лодки «С-13» - командир Маринеско Александр Иванович, в тяжелейших условиях был атакован и потоплен океанский гигант, девятипалубный чудо-корабль, последнее слово техники - «Вильгельм Густлов», на борту которого находилось более семи тысяч человек (по оценкам ряда историков - до 9 тыс. чел. высокопоставленные чиновники, генералы и высший офицерский состав и солдаты вермахта)