8 сентября 1994 года правительство выпустило постановление «О формировании Новороссийского военно-морского района и создании системы базирования сил ВМФ на территории Краснодарского края».
С 1925 по 1940 годы Новороссийская ВМБ существовала номинально, но незадолго до Великой Отечественной войны стала полноценным подразделением советской армии. 29 января 1941 года приказ командующего Черноморским флотом определил штатную структуру базы.
Здесь были развернуты дивизионы кораблей охраны водного рейда, учебный дивизион подводных лодок, отряд торпедных катеров, части береговой артиллерии и тыла. В период войны они стали главной опорой осажденных гарнизонов Одессы и Севастополя. В сентябре 1942 года советские войска оставили Новороссийск. Штаб базы и ее основные силы переместились в Геленджик, откуда осуществляли высадку морских десантов на Малую Землю.
В сентябре 1943-го Новороссийск удалось освободить от врагов, однако перед базой встала другая задача — очистить заминированное фашистами море. Всего в акватории порта было обезврежено несколько десятков мин.
В 1947 году Новороссийскую ВМБ расформировали.
Однако после распада СССР стал актуальным вопрос об использовании Новороссийска как главной базы отечественного флота. И 8 сентября 1994 года правительство выпустило постановление «О формировании Новороссийского военно-морского района и создании системы базирования сил ВМФ на территории Краснодарского края». Документ определил статус возрожденной базы и стал датой нового праздника.
Зона ответственности Новороссийской ВМБ простирается от границ с Грузией до Крыма. Кроме охраны государственной границы России, новороссийские военные моряки выполняют и другие важные задачи. Они неоднократно участвовали в ликвидации стихийных последствий в Краснодарском крае, обнаруживают и уничтожают морские мины времен Великой Отечественной войны, обеспечивают подъем затонувших объектов.